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Les patients se bousculent au portillon (environ 78 000 consultations et près 16 000 hospitalisations en 2011), alors que l’établissement ne dispose que de 421 lits. Résultat : deux ou trois malades partagent le même lit, les femmes accouchent à même le sol. Le système d’alimentation de certaines chambres en oxygène est défectueux.

Le personnel médical, dont le nombre est insuffisant, exerce dans des conditions difficiles. Trois gynécologues et un nombre variable des médecins de 3^ème cycle (deux à quatre en moyenne) sont épaulés par vingt-et-une infirmières, douze aides-soignantes, six membres du personnel d’appui et des étudiants en dernière année de médecine.

Par ailleurs, suite à des créances importantes, le CHUK se retrouve dans l’incapacité de payer ses fournisseurs. L’Etat lui doit 1,3 milliard de Fbu. A titre d’exemple, le ministère de la Santé publique doit près de 545 millions de Fbu, celui de la Solidarité nationale 691 millions, celui de la Défense nationale 64. Le Centre éprouve bien des difficultés à apurer sa propre dette (858 millions contractés auprès de ses fournisseurs...)

Le CHUK est une administration subventionnée par l’Etat, dotée d’une personnalité juridique, d’un patrimoine et de l’autonomie financière, surtout en matière de fixation du prix des actes médicaux. Il héberge depuis son ouverture la Faculté de médecine de l’Université du Burundi. Une bonne partie de ses équipements n’a jamais été renouvelée depuis sa création.